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A, B, C, CH, CHH, CH', D, E, F, G, H, I, J, JJ, K, KH, K', L, LL, M, N, Ñ, O, P, PH, P', Q, QH, Q', QU, R, RR, S, SH, T, TH, T', U, V, W, X, Y, Z (43 letras).
Mientras que un alfabeto fonémico, que rechace totalmente el mestizaje lingüístico, puede reducirse a eso:
A, CH, CHH, CH', H, I, K, KH, K', LL, M, N, Ñ, P, PH, P', Q, QH, Q', R, S, T, TH, T', U, W, Y (26 letras).
Existen muchos sistemas de transcripción del quechua, y generalmente no utilizan ni uno ni el otro de esos dos alfabetos extremistas, sino adoptan una posición intermedia.
En todo caso, cualquier grafia doble (tipo kh, k', ph, p', qh, q', sh) o triple (chh, ch') debe ser considerada como una sola letra para el orden alfabético. Por ejemplo, la serie:
khuchi, killa, k'iski, kunka (en orden alfabético inglés)
debe ser considerada en desorden, y solo será en orden alfabético así:
killa, kunka, khuchi, k'iski.
Por supuesto, ocurre lo mismo con las grafias dobles ya presentes en el castellano: ch, ll y rr.